Trong lịch sử, địa danh, địa giới của vùng đất Vũ Nông có nhiều thay đổi. Cuối thế kỷ XIX, Nguyên Bình là một châu thuộc phủ Hòa An, tỉnh Cao Bằng gồm 2 tổng (tổng Gia Bằng và tổng Kim Mã). Tổng Kim Mã có 8 xã: Kim Mã, Tam Lộng, Linh Mai, Linh Quang, Hoành Mô, Vũ Nông, Nam Ty, Phương Xuân. Như thế, từ thế kỷ XIX đã có địa danh Vũ Nông - với vai trò là một xã của tổng Kim Mã, châu Nguyên Bình, phủ Hòa An, tỉnh Cao Bằng.
Theo tư liệu địa phương ghi lại, trước năm 1945, vùng đất Vũ Nông là một phần của xã Cu Ba. Sau Cách mạng Tháng Tám năm 1945, xã Cu Ba tách làm 3 xã nhỏ. Vùng đất Vũ Nông là một phần của xã Hồng Việt.
Năm 1962, từ việc chia tách địa giới hành chính xã Hồng Việt, xã Vũ Nông - với vai trò là một đơn vị hành chính cấp xã của huyện Nguyên Bình - được thành lập.
Năm 1963, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 26-CP ngày 14/3/1963 về việc thành lập thị trấn Tĩnh Túc. Theo đó, địa giới xã Vũ Nông có thay đổi, khi xóm Thum Ở được cắt ra khỏi xã, nhập vào thị trấn Tĩnh Túc. Đồng thời, các xóm còn lại của xã Hồng Việt (Lũng Thán, Lũng Luông, Xiên Pèng, Thin Xan, Lũng Nọi, Xí Thầu) và xóm Xiên Pèng của xã Ca Thành được sáp nhập vào xã Vũ Nông.
Đến những năm đầu thế kỉ XXI, Vũ Nông có 11 xóm, gồm: Lũng Nọi, Lũng Luông, Xiên Pèng, Xí Thầu, Lũng Thán, Thin Xan, Lũng Tỳ - Bành Gốm, Lũng Khoen, Lũng Nặm, Lũng Báng, Po Cấp.
Thực hiện Nghị quyết số 27/NQ-HĐND ngày 09/9/2019 của Hội đồng nhân dân tỉnh Cao Bằng, xóm Xiên Pèng được sáp nhập vào xóm Lũng Luông; hai xóm Thin San và Lũng Thán được sáp nhập vào xóm Xí Thầu; hai xóm Lũng Po và Lũng Báng được sáp nhập vào xóm Lũng Tỳ; xóm Lũng Nặm được sáp nhập vào xóm Lũng Khoen. Sau sáp nhập, xã Vũ Nông gồm 5 xóm: Lũng Khoen, Lũng Luông, Lũng Nọi, Lũng Tỳ, Xí Thầu.